Todas las muestras de infectados de ébola y del resto de pacientes en observación están siendo analizadas en el Centro Nacional de Microbiología, que se encuentra en Majadahonda.
El centro pertenece al Instituto de Salud Carlos III, está ubicado en la Carretera de Majadahonda a Pozuelo, y proporciona el apoyo científico a todo el país y al Sistema Nacional de Salud.
Su función específica es controlar las enfermedades infecciosas, para lo que ofrece servicios de diagnóstico y referencia, manteniendo además programas de investigación, tanto básica como orientada, relacionados con la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de estas enfermedades. Dispone de un sistema de gestión de calidad conforme a la norma UNE-EN ISO 9001, certificado por AENOR, para la recepción de muestras biológicas, así como varias técnicas y servicios acreditados por ENAC según la norma UNE-EN ISO 15189.
En 2013 el CNM reestructuró sus laboratorios, agrupándolos en cinco áreas funcionales, de manera que los laboratorios o unidades afines estén englobados en una misma estructura.
Entre sus instalaciones destaca la existencia de un laboratorio de bioseguridad de nivel 3, que es donde se recogen las muestras para analizar el virus del ébola. Anteriormente han participado en el estudio de otras pandemias como la Gripe Aviar o la Gripe A.
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